بهروز محمدنظری؛ اردشیر نجاتی جوارمی؛ محمد مرادی شهربابک؛ رستم عبدالهی آرپناهی
دوره 22، شماره 4 ، دی 1399، ، صفحه 515-527
چکیده
به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه بهترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این دادهها طی سالهای 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز ...
بیشتر
به منظور بررسی صحت ارزیابی ژنومی صفات تولید شیر گاوهای هلشتاین ایران در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، از تعداد 344170، 135000و 156840 رکورد روزانه بهترتیب برای مقدار شیر، چربی و پروتئین در دوره شیردهی اول از 34417، 13500 و 15684 راس گاو ماده و 1935 پدر ژنوتیپ شده بر اساس نشانگرهای SNP استفاده شد. این دادهها طی سالهای 1392 لغایت 1397 از بانک اطلاعات مرکز اصلاح نژاد دام و بهبود تولیدات دامی کشور استخراج گردید. جهت در نظر گرفتن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط از متوسط شاخص دما-رطوبت نسبی (THI) طی سه روز قبل از روز رکوردگیری، بهعنوان عوامل محیطی با خصوصیت پیوسته، مربوط به 35 ایستگاه هواشناسی در مجاورت 139 گله گاو هلشتاین با رکورد روز آزمون از 13 استان استفاده شد. مولفه های (کو)واریانس از طریق مدل تابعیت تصادفی یک صفته با استفاده از نرم افزار AIREMLF90 و در تابع لژاندر مرتبه دو برای روزهای شیردهی و THI، برآورد گردید. نتایج نشان داد تغییر THI طی دوره شیردهی، منجر به تغییر مقدار واریانس ژنتیکی افزایشی میشود. تغییرات وراثتپذیری صفات تولید شیر در طول دوره شیردهی نیز مشابه واریانس ژنتیکی افزایشی بود. آنالیز اعتبار سنجی برای مقایسه صحت پیش بینی شده در مدلهایی با و بدون THI منجر به افزایش صحت با قراردادن اطلاعات ژنومی و بهبود نااریبی با وجود THI در مدل میشود. با توجه به تغییر عملکرد دختران گاوهای نر طی روزهای شیردهی و با مقادیر مختلف THI، برای انتخاب گاونر در شرایط مختلف باید اثر متقابل ژنوتیپ و محیط در نظر گرفته شود.
بهزاد رجبی مرند؛ حسین مرادی شهربابک؛ مصطفی صادقی؛ رستم عبدالهی آرپناهی
دوره 21، شماره 4 ، دی 1398، ، صفحه 419-430
چکیده
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشههایی با تراکمهای مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار ...
بیشتر
هدف پژوهش حاضر، بررسی صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی (GEBV) بدست آمده برای دو صفت اقتصادی مهم تولید شیر و امتیاز سلول های بدنی با استفاده از SNPها و بلوکهای هاپلوتایپی مبتنی بر LD به کمک دو روش آماری GBULP و بیز B بود. اطلاعات ژنوتیپی مربوط به 1654راس گاو نر که با استفاده از تراشههایی با تراکمهای مختلف تعیین ژنوتیپ شده بودند مورد استفاده قرار گرفت. صحت ارزشهای اصلاحی بدست آمده هنگام استفاده از SNPها حاکی از برتری بیز B نسبت به GBLUP بود، به طوری که برای صفت تولید شیر و امتیاز سلولهای بدنی صحت ارزیابیها با استفاده از GBLUP به ترتیب برابر 54/3 و 43/7 درصد و برای روش بیز Bبه ترتیب برابر 57/7 و 44/2 درصد بود. برای صفت تولید شیر، صحت پیشبینیهای حاصل با استفاده از بلوکهای هاپلوتایپی در هر دو روش آماری، بالاتر از صحت حاصل هنگام استفاده از SNPها بود در حالی که برای صفت امتیاز سلولهای بدنی، این افزایش صحت، زمانی که از روش آماری GBLUP استفاده شد مشهود بود ولی هنگام استفاده از روش بیز B این برتری تنها زمانی بدست آمد که مقدار آماره 2r مورد استفاده برای تشکیل بلوکها بالاتر از 0/2 بود. نتایج نشان داد که سطح بهینه آماره2r برای تشکیل بلوکهای هاپلوتایپی بستگی به نوع صفت و وراثت پذیری آن دارد ولی در مجموع، استفاده از آماره2r بیشتر از0/2جهت تشکیل بلوکهای هاپلوتایپی، میتواند منجر به افزایش صحت ارزشهای اصلاحی ژنومی در هر دو صفت در مقایسه با استفاده از SNPها شود.
علی اشرافیان؛ ناصر امام جمعه کاشان؛ رستم عبدالهی آرپناهی؛ محمد باقر صیادنژاد
دوره 20، شماره 3 ، آبان 1397، ، صفحه 401-409
چکیده
به منظور تعیین تعداد رکورد روز آزمون مناسب برای آزمون نتاج گاوهای نر هلشتاین از 732140 رکورد روز آزمون تولید شیر زایش اول مربوط به 73214 راس گاو شیری از 62 گله طی سال های 1371 الی 1395 که توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع آوری شده بود، استفاده شد. همبستگی پیش بینی ارزش ارثی (EBV) گاوهای نر با استفاده از 10 رکورد روز آزمون دختران آنها با تعداد متفاوت رکورد ...
بیشتر
به منظور تعیین تعداد رکورد روز آزمون مناسب برای آزمون نتاج گاوهای نر هلشتاین از 732140 رکورد روز آزمون تولید شیر زایش اول مربوط به 73214 راس گاو شیری از 62 گله طی سال های 1371 الی 1395 که توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمع آوری شده بود، استفاده شد. همبستگی پیش بینی ارزش ارثی (EBV) گاوهای نر با استفاده از 10 رکورد روز آزمون دختران آنها با تعداد متفاوت رکورد روز آزمون، مقایسه شد. همبستگی EBV گاوهای نر هلشتاین در حالت استفاده از 10 رکورد روز آزمون از هر گاو شیری با EBV حاصل از تعداد رکورد روز آزمون زوج، فرد، (دوم، سوم، دهم)، (دوم، پنجم، هفتم) و (دوم، ششم) به ترتیب 99/0، 98/0، 98/0، 97/0 و 94/0 برآورد شد. نتایج نشان داد در ارزیابی ژنتیکی گاو های نر هلشتاین با استفاده از مدل رگرسیون تصادفی میتوان برای کاهش هزینه رکوردگیری، کاهش حجم فایل اطلاعات و کم کردن فاصله نسل فقط از رکوردهای روز آزمون دوم، پنجم و هفتم به جای 10 رکورد روز آزمون استفاده نمود.
حیدر قیاسی؛ رستم عبدالهی آرپناهی؛ رضا طاهرخانی
دوره 19، شماره 2 ، مرداد 1396، ، صفحه 255-264
چکیده
به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح با استفاده از سه مدل تکرارپذیر، چند صفتی و تابعیت تصادفی از تعداد 159482 رکورد فاصله زایش تا اولین تلقیح که طی سالهای 1360 تا 1392 از 33 گله گاو هلشتاین ایران توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمعآوری شده بود، استفاده شد. مدل چندصفتی نسبت به مدل تکرارپذیر و تابعیت تصادفی دارای معیار ...
بیشتر
به منظور برآورد پارامترهای ژنتیکی صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح با استفاده از سه مدل تکرارپذیر، چند صفتی و تابعیت تصادفی از تعداد 159482 رکورد فاصله زایش تا اولین تلقیح که طی سالهای 1360 تا 1392 از 33 گله گاو هلشتاین ایران توسط مرکز اصلاح نژاد کشور جمعآوری شده بود، استفاده شد. مدل چندصفتی نسبت به مدل تکرارپذیر و تابعیت تصادفی دارای معیار اطلاعات بیزین کمتر و فاکتور بیز آن نسبت به دو مدل دیگر تفاوت معنیداری داشت (05/0 P <). وراثتپذیری برآورد شده برای فاصله زایش تا اولین تلقیح در مدل تابعیت تصادفی از نوبت زایش اول تا ششم روندی نزولی داشت، به طوری که مقدار وراثتپذیری در نوبت زایش اول بیشترین مقدار (01/±09/0) و در نوبت زایش ششم کمترین مقدار (01/0±03/0) بود. وراثتپذیری برآورد شده برای این صفت در آنالیز چند صفتی اگر چه از نوبت زایش اول (08/0) تا نوبت زایش پنجم (04/0) روند نزولی داشت ولی بیشترین مقدار وراثتپذیری (10/0) در نوبت زایش ششم برآورد گردید. وراثتپذیری برآورد شده برای این صفت در مدل تکرارپذیری نیز 05/0 بود. همبستگیهای ژنتیکی بین نوبتهای زایش نزدیک به هم بیشتر بود و با زیادشدن فاصله بین نوبتهای زایش همبستگیهای ژنتیکی کاهش یافت. به طورکلی، مدل چند صفتی نسبت به سایر مدلها در برآورد اجزای واریانس برای صفت فاصله زایش تا اولین تلقیح برتری دارد.
فرحناز جمشیدی زاد؛ محمود وطن خواه؛ رستم عبداللهی؛ قاسم جلیلوند
دوره 19، شماره 2 ، مرداد 1396، ، صفحه 311-320
چکیده
در این تحقیق پارامترهای مربوط به صفات تولید، تولیدمثل، مدیریت و اقتصادی حاصل از رکوردگیرهای، تعداد هفت گله با 600 رأس گوسفند کردی در طول یک چرخه تولید سالانه در سیستم روستایی استفاده شد. ضرایب اقتصادی صفات با استفاده از سه گرایش حداکثر سود، درآمد به هزینه و حداقل هزینه برآورد گردید. نتایج نشان داد که متوسط سود (خالص) به ازای هر رأس میش ...
بیشتر
در این تحقیق پارامترهای مربوط به صفات تولید، تولیدمثل، مدیریت و اقتصادی حاصل از رکوردگیرهای، تعداد هفت گله با 600 رأس گوسفند کردی در طول یک چرخه تولید سالانه در سیستم روستایی استفاده شد. ضرایب اقتصادی صفات با استفاده از سه گرایش حداکثر سود، درآمد به هزینه و حداقل هزینه برآورد گردید. نتایج نشان داد که متوسط سود (خالص) به ازای هر رأس میش در هر سال، نسبت درآمد (کل سود) به هزینه و نسبت هزینه به درآمد برای این سیستم به ترتیب 3211391 ریال، 40/1 و713/0 بود. به طور متوسط هزینههای تغذیه و پرورش به ترتیب 64 و 20 درصد از کل هزینهها را شامل شدند. در گرایش حداکثر سود متوسط ضرایب اقتصادی مطلق (نسبی) صفات به صورت، (102/1) 139/7550 ریال برای زندهمانی میش، (114/1) 49/7630 ریال برای میزان آبستنی، (047/1) 632/7172 ریال برای فراوانی برهزایی، (952/0) 575/6520 ریال برای میزان برهزایی، (164/1) 592/7969 ریال برای زندهمانی بره تا شیرگیری، (19/1) 719/8150 ریال برای زندهمانی بره تا یک سالگی، (1) 356/6848 ریال برای وزن برهها در زمان فروش، (381/0-) 2610- ریال برای وزن میش بودند. در گرایش درآمد به هزینه متوسط ضرایب اقتصادی صفات ذکر شده به ترتیب 677/0، 683/0، 646/0، 592/0، 711/0، 726/0، 566/0، 239/0- برآورد شدند. حساسیت ضرایب اقتصادی صفات نسبت به تغییر در هزینه نهادهها کم ولی نسبت به تغییر قیمت تولیدات حساسیت بیشتری نشان دادند. چون پارامترهای مورد استفاده در این تحقیق نماینده شرایط مدیریتی و آب و هوایی استان ایلام میباشد، پیشنهاد میشود از این ضرایب برای طراحی شاخص انتخاب مناسب گوسفند کردی استفاده شود.
منوچهر مرادی؛ رستم عبدالهی آرپناهی؛ بهزاد همتی؛ ابوالقاسم لواف
دوره 19، شماره 1 ، اردیبهشت 1396، ، صفحه 1-12
چکیده
هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونهگیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیهسازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی ...
بیشتر
هدف از این مطالعه مقایسه سه روش پارامتری (GBLUP، BayesB، RKHS) و دو روش بازنمونهگیری (Bagging GBLUP و Random Forest) در پیش بینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک برای صفاتی با ساختار ژنتیکی متفاوت بود. یک ژنوم با سه کروموزوم، هر کروموزوم به طول یک مورگان شبیهسازی شد و روی آن 1500 نشانگر تک نوکلئوتیدی (SNP) در سه سناریو 50، 100 و 200QTL به طور یکنواخت پخش شدند. اثر جایگزینی QTLها با استفاده از توزیع نرمال استاندارد، گاما و یکنواخت با وراثتپذیری 30 درصد مدل سازی شدند. توانایی پیشبینی روشهای آماری با استفاده از آمارههای همبستگی بین ارزشهای اصلاحی پیشبینی شده و واقعی و همچنین رگرسیون ارزش اصلاحی واقعی بر پیشبینی شده بررسی شد. نتایج نشان داد در جمعیتهای تایید، روش RF باعث بیش-برآورد رگرسیون ارزشهای اصلاحی واقعی بر پیشبینی شده شد، در حالی که روشهای GBLUP، BayesB و RKHS منجر به کم-برآورد ضریب رگرسیون شدند. به جز روش Bagging GBLUP در دیگر روشها تفاوت معنی داری با تغییر توزیع اثرات QTL مشاهده نشد اما در مجموع عملکرد دو روش GBLUP و BayesB نسبت به دیگر روشها بهتر بود. یکی از دلایل احتمالی برتری GBLUP و BayesB بر دیگر روشها میتواند شبیه سازی صفات با اثرات صرفا ًژنتیکی افزایشی بوده باشد. به طور کلی، روشهای GBLUP و BayesB بر روش های بازنمونهگیری در پیشبینی های ژنومی ارجحیت دارند.